Статья посвящена разработке научного обеспечения определения и оценивания зрелости трансграничной инновационной системы в контексте ее социо-эколого-ориентированного развития. Дан анализ научных исследований по тематике, предложено авторское определение термина «степень зрелости трансграничной инновационной системы» в контексте её социо-эколого-ориентированного развития. Предложен подход к определению и оцениванию зрелости трансграничной инновационной системы в контексте её социо-эколого-ориентированного развития. В работе показано влияние на зрелость трансграничной инновационной системы таких факторов, как: этап жизненного цикла трансграничной инновационной системы как системы, устойчивость трансграничной инновационной системы как системы, мера интеграции элементов трансграничной инновационной системы, мера коэволюции компонентов трансграничной инновационной системы, мера глубины и качества трансграничного взаимодействия субъектов трансграничной инновационной системы, мера негативного воздействия трансграничной инновационной системы на окружающую среду, мера положительного воздействия трансграничной инновационной системы на социум, уровень управляемости системы. Данное исследование не только обогащает теоретическую научную базу в области трансграничных инновационных систем, но и могут быть использованы на практике. Результаты исследования могут быть использованы практиками в процессах стратегирования и в управлении трансграничными инновационными системами. Дальнейшие исследования могут быть посвящены научной проблеме формирования эталонных моделей трансграничных инновационных систем и предложению эталонных наборов параметров для оценки факторов модели.