В условиях современных вызовов к региональному развитию важным направлением устойчивого функционирования муниципальных образований является усиление их экономической безопасности. В статье рассматриваются методы и алгоритмы оценки эффективности модификации механизма местного самоуправления для укрепления экономической безопасности региона. Актуальность работы обусловлена необходимостью адаптации управленческих стратегий муниципальных образований к новым социально-экономическим условиям, что способствует снижению уязвимости экономики региона к внутренним и внешним угрозам. Цель исследования — разработка методологической основы для оценки эффективности изменений в системе местного самоуправления, направленных на обеспечение экономической безопасности. В рамках исследования используются методы сравнительного и системного анализа, экономико-математическое моделирование, а также методы экспертного и статистического анализа. Предложенные алгоритмы оценки включают построение системы показателей, моделирующих влияние изменений в управленческой системе на ключевые параметры экономической безопасности региона, такие как инвестиционная привлекательность, уровень занятости, стабильность доходной части муниципальных бюджетов, эффективность муниципального управления и устойчивость социальной инфраструктуры. Результаты исследования позволяют выделить наиболее значимые индикаторы экономической безопасности на уровне муниципальных образований, а также разработать подходы к оценке эффективности изменений в их управленческих механизмах. На основе полученных данных формулируются практические рекомендации по повышению устойчивости местного самоуправления и снижения рисков для экономической стабильности региона. Предложенные методы и алгоритмы могут служить основой для разработки стратегии экономической безопасности на региональном уровне и повысить адаптивные возможности местных органов власти в условиях меняющейся экономической среды.