В данной статье рассмотрены концептуальные основы формирования стратегии устойчивого развития экономики региона. Под устойчивым развитием понимается динамичный процесс, направленный на сохранение и увеличение потенциала региона, повышение его конкурентоспособности в долгосрочной перспективе и достижение баланса в показателях экономического, социального развития и экологической безопасности. Особое внимание уделено системному подходу к государственному управлению регионами в контексте формирования модели устойчивого развития их экономики и факторов, сдерживающих этот процесс. Подчеркнуто, что качество социально-экономического прогресса на национальном и региональном уровнях зависит от многочисленных факторов, определяющих разные возможности для развития экономики регионов, в том числе способных и сдерживать это развитие. В статье рассматриваются основные сдерживающие факторы, носящие объективный характер, и предложен ряд мер, направленных на совершенствование государственного управления в отношениях между федеральным центром и субъектами Российской Федерации в контексте согласованной реализации концепции устойчивого развития экономики территории.